Các khai quật khảo cổ hiện đại bắt đầu từ năm 1928, khi chính phủ phát xít Mussolini của Ý gửi 1 đoàn thám hiểm tới Bouthroton. Mục đích là nghiên cứu về địa chính trị để bành trướng quyền bá chủ của Ý, hơn là mục tiêu khảo cổ. Tuy nhiên, trưởng đoàn là Luigi Maria Ugolini, 1 nhà khảo cổ Ý, ông ta đã quan tâm tới khảo cổ. Ugolini từ trần năm 1936, nhưng các cuộc khai quật vẫn tiếp tục cho tới năm 1943 và trong Thế chiến thứ hai. Các nhà khảo cổ đã khám phá ra 1 nền văn minh Hy Lạp và văn minh La mã cổ của thành phố, trong đó có 1 "Lion Gate" (cổng sư tử) và "Scaean Gate" (tên do Ugolini đặt theo cổng nổi tiếng ở thành Troy được Homer nói đến trong tập sử thi Iliad).

Sau khi chính phủ cộng sản của Enver Hoxha nắm quyền kiểm soát Albania năm 1944, các nhà khảo cổ nước ngoài bị đuổi. Các nhà khảo cổ Albania, trong đó có Hasan Ceka tiếp tục việc khai quật.

Nhà lãnh đạo Liên Xô Nikita Khrushchev đã tới thăm khu phế tích này năm 1959 và gợi ý cho Hoxha nên biến vùng này thành Căn cứ tàu ngầm. Tuy nhiên Viện khảo cổ Albania bắt đầu mở rộng việc khai quật trong thập niên 1970.

Sau khi chế độ xã hội chủ nghĩa sụp đổ năm 1992, chính phủ dân chủ mới đã lập nhiều kế hoạch phát triển khu vực này. Cùng năm, Butrint đã được UNESCO đưa vào Danh sách di sản thế giói. Cuộc khủng hoảng lớn về chính trị và kinh tế năm 1997 đã buộc phải ngưng kế hoạch xây dựng 1 sân bay và UNESCO đưa Butrint vào Danh sách di sản thế giới bị đe dọa vì nạn cưóp phá, thiếu quản lý, bảo tồn và che chở.

Chính phủ Albania lập Vườn quốc gia Butrint năm 2000. Với sự trợ giúp của các cơ quan ở Albania và Quỹ Butrint, tình trạng đã khá hơn và năm 2006 UNESCO đã bỏ tên Butrint ra khỏi "Danh sách di sản thế giới bị đe dọa".